Loos Group

TOP-LD: A tool to explore linkage disequilibrium with TOPMed whole-genome sequence data

Huang, L., Rosen, J. D., Sun, Q., Chen, J., Wheeler, M. M., Zhou, Y., Min, Y. I., Kooperberg, C., Conomos, M. P., Stilp, A. M., Rich, S. S., Rotter, J. I., Manichaikul, A., Loos, R. J. F., Kenny, E. E., Blackwell, T. W., Smith, A. V., Jun, G., Sedlazeck, F. J., Metcalf, G. & 6 others, Boerwinkle, E., Raffield, L. M., Reiner, A. P., Auer, P. L., Li, Y. & NHLBI Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed) Consortium, N. T. F. P. M. (. C., 2022, In: American Journal of Human Genetics. 109, 6, p. 1175-1181 7 p.

Research output: Contribution to journal › Journal article › Research › peer-review

Implicating genes, pleiotropy, and sexual dimorphism at blood lipid loci through multi-ancestry meta-analysis

Kanoni, S., Graham, S. E., Wang, Y., Surakka, I., Ramdas, S., Zhu, X., Clarke, S. L., Bhatti, K. F., Vedantam, S., Winkler, T. W., Locke, A. E., Marouli, E., Zajac, G. J. M., Wu, K. H. H., Ntalla, I., Hui, Q., Klarin, D., Hilliard, A. T., Wang, Z., Xue, C. & 519 others, Thorleifsson, G., Helgadottir, A., Gudbjartsson, D. F., Holm, H., Olafsson, I., Hwang, M. Y., Han, S., Akiyama, M., Sakaue, S., Terao, C., Kanai, M., Zhou, W., Brumpton, B. M., Rasheed, H., Havulinna, A. S., Veturi, Y., Pacheco, J. A., Rosenthal, E. A., Lingren, T., Feng, Q. P., Kullo, I. J., Narita, A., Takayama, J., Martin, H. C., Hunt, K. A., Trivedi, B., Haessler, J., Giulianini, F., Bradford, Y., Miller, J. E., Campbell, A., Lin, K., Millwood, I. Y., Rasheed, A., Hindy, G., Faul, J. D., Zhao, W., Weir, D. R., Turman, C., Huang, H., Graff, M., Choudhury, A., Sengupta, D., Mahajan, A., Brown, M. R., Zhang, W., Yu, K., Schmidt, E. M., Pandit, A., Gustafsson, S., Yin, X., Luan, J., Zhao, J. H., Matsuda, F., Jang, H. M., Yoon, K., Medina-Gomez, C., Pitsillides, A., Hottenga, J. J., Wood, A. R., Ji, Y., Gao, Z., Haworth, S., Yousri, N. A., Mitchell, R. E., Chai, J. F., Aadahl, Mette, Bjerregaard, A. A., Yao, J., Manichaikul, A., Hwu, C. M., Hung, Y. J., Warren, H. R., Ramirez, J., Bork-Jensen, J., Kårhus, L. L., Goel, A., Sabater-Lleal, M., Noordam, R., Mauro, P., Matteo, F., McDaid, A. F., Marques-Vidal, P., Wielscher, M., Trompet, S., Sattar, N., Møllehave, L. T., Munz, M., Zeng, L., Huang, J., Yang, B., Poveda, A., Kurbasic, A., Lamina, C., Forer, L., Scholz, M., Galesloot, T. E., Bradfield, J. P., Ruotsalainen, S. E., Daw, E., Zmuda, J. M., Mitchell, J. S., Fuchsberger, C., Christensen, H., Brody, J. A., Vazquez-Moreno, M., Feitosa, M. F., Wojczynski, M. K., Wang, Z., Preuss, M. H., Mangino, M., Christofidou, P., Verweij, N., Benjamins, J. W., Engmann, J., Tsao, N. L., Verma, A., Slieker, R. C., Lo, K. S., Zilhao, N. R., Le, P., Kleber, M. E., Delgado, G. E., Huo, S., Ikeda, D. D., Iha, H., Yang, J., Liu, J., Demirkan, A., Leonard, H. L., Marten, J., Frank, M., Schmidt, B., Smyth, L. J., Cañadas-Garre, M., Wang, C., Nakatochi, M., Wong, A., Hutri-Kähönen, N., Sim, X., Xia, R., Huerta-Chagoya, A., Fernandez-Lopez, J. C., Lyssenko, V., Nongmaithem, S. S., Bayyana, S., Stringham, H. M., Irvin, M. R., Oldmeadow, C., Kim, H. N., Ryu, S., Timmers, P. R. H. J., Arbeeva, L., Dorajoo, R., Lange, L. A., Prasad, G., Lorés-Motta, L., Pauper, M., Long, J., Li, X., Theusch, E., Takeuchi, F., Spracklen, C. N., Loukola, A., Bollepalli, S., Warner, S. C., Wang, Y. X., Wei, W. B., Nutile, T., Ruggiero, D., Sung, Y. J., Chen, S., Liu, F., Yang, J., Kentistou, K. A., Banas, B., Nardone, G. G., Meidtner, K., Bielak, L. F., Smith, J. A., Hebbar, P., Farmaki, A. E., Hofer, E., Lin, M., Concas, M. P., Vaccargiu, S., van der Most, P. J., Pitkänen, N., Cade, B. E., van der Laan, S. W., Chitrala, K. N., Weiss, S., Bentley, A. R., Doumatey, A. P., Adeyemo, A. A., Lee, J. Y., Petersen, E. R. B., Nielsen, A. A., Choi, H. S., Nethander, M., Freitag-Wolf, S., Southam, L., Rayner, N. W., Wang, C. A., Lin, S. Y., Wang, J. S., Couture, C., Lyytikäinen, L. P., Nikus, K., Cuellar-Partida, G., Vestergaard, H., Hidalgo, B., Giannakopoulou, O., Cai, Q., Obura, M. O., van Setten, J., Li, X., Liang, J., Tang, H., Terzikhan, N., Shin, J. H., Jackson, R. D., Reiner, A. P., Martin, L. W., Chen, Z., Li, L., Kawaguchi, T., Thiery, J., Bis, J. C., Launer, L. J., Li, H., Nalls, M. A., Raitakari, O. T., Ichihara, S., Wild, S. H., Nelson, C. P., Campbell, H., Jäger, S., Nabika, T., Al-Mulla, F., Niinikoski, H., Braund, P. S., Kolcic, I., Kovacs, P., Giardoglou, T., Katsuya, T., de Kleijn, D., de Borst, G. J., Kim, E. K., Adams, H. H. H., Ikram, M. A., Zhu, X., Asselbergs, F. W., Kraaijeveld, A. O., Beulens, J. W. J., Shu, X. O., Rallidis, L. S., Pedersen, Oluf Borbye, Hansen, Torben, Mitchell, P., Hewitt, A. W., Kähönen, M., Pérusse, L., Bouchard, C., Tönjes, A., Chen, Y. D. I., Pennell, C. E., Mori, T. A., Lieb, W., Franke, A., Ohlsson, C., Mellström, D., Cho, Y. S., Lee, H., Yuan, J. M., Koh, W. P., Rhee, S. Y., Woo, J. T., Heid, I. M., Stark, K. J., Zimmermann, M. E., Völzke, H., Homuth, G., Evans, M. K., Zonderman, A. B., Polasek, O., Pasterkamp, G., Hoefer, I. E., Redline, S., Pahkala, K., Oldehinkel, A. J., Snieder, H., Biino, G., Schmidt, R., Schmidt, H., Bandinelli, S., Dedoussis, G., Thanaraj, T. A., Kardia, S. L. R., Peyser, P. A., Kato, N., Schulze, M. B., Girotto, G., Böger, C. A., Jung, B., Joshi, P. K., Bennett, D. A., De Jager, P. L., Lu, X., Mamakou, V., Brown, M., Caulfield, M. J., Munroe, P. B., Guo, X., Ciullo, M., Jonas, J. B., Samani, N. J., Kaprio, J., Pajukanta, P., Tusié-Luna, T., Aguilar-Salinas, C. A., Adair, L. S., Bechayda, S. A., de Silva, H. J., Wickremasinghe, A. R., Krauss, R. M., Wu, J. Y., Zheng, W., Hollander, A. I., Bharadwaj, D., Correa, A., Wilson, J. G., Lind, L., Heng, C. K., Nelson, A. E., Golightly, Y. M., Wilson, J. F., Penninx, B., Kim, H. L., Attia, J., Scott, R. J., Rao, D. C., Arnett, D. K., Hunt, S. C., Walker, M., Koistinen, H. A., Chandak, G. R., Mercader, J. M., Costanzo, M. C., Jang, D., Burtt, N. P., Villalpando, C. G., Orozco, L., Fornage, M., Tai, E., van Dam, R. M., Lehtimäki, T., Chaturvedi, N., Yokota, M., Liu, J., Reilly, D. F., McKnight, A. J., Kee, F., Jöckel, K. H., McCarthy, M. I., Palmer, C. N. A., Vitart, V., Hayward, C., Simonsick, E., van Duijn, C. M., Jin, Z. B., Qu, J., Hishigaki, H., Lin, X., März, W., Gudnason, V., Tardif, J. C., Lettre, G., Hart, L. M. T., Elders, P. J. M., Damrauer, S. M., Kumari, M., Kivimaki, M., van der Harst, P., Spector, T. D., Loos, Ruth, Province, M. A., Parra, E. J., Cruz, M., Psaty, B. M., Brandslund, I., Pramstaller, P. P., Rotimi, C. N., Christensen, K., Ripatti, S., Widén, E., Hakonarson, H., Grant, S. F. A., Kiemeney, L. A. L. M., de Graaf, J., Loeffler, M., Kronenberg, F., Gu, D., Erdmann, J., Schunkert, H., Franks, P. W., Linneberg, Allan René, Jukema, J. W., Khera, A. V., Männikkö, M., Jarvelin, M. R., Kutalik, Z., Francesco, C., Mook-Kanamori, D. O., van Dijk, K. W., Watkins, H., Strachan, D. P., Grarup, Niels, Sever, P., Poulter, N., Chuang, L. M., Rotter, J. I., Dantoft, T. M., Karpe, F., Neville, M. J., Timpson, N. J., Cheng, C. Y., Wong, T. Y., Khor, C. C., Li, H., Sabanayagam, C., Peters, A., Gieger, C., Hattersley, A. T., Pedersen, N. L., Magnusson, P. K. E., Boomsma, D. I., Willemsen, A. H. M., Cupples, L., van Meurs, J. B. J., Ghanbari, M., Gordon-Larsen, P., Huang, W., Kim, Y. J., Tabara, Y., Wareham, N. J., Langenberg, C., Zeggini, E., Kuusisto, J., Laakso, M., Ingelsson, E., Abecasis, G., Chambers, J. C., Kooner, J. S., de Vries, P. S., Morrison, A. C., Hazelhurst, S., Ramsay, M., North, K. E., Daviglus, M., Kraft, P., Martin, N. G., Whitfield, J. B., Abbas, S., Saleheen, D., Walters, R. G., Holmes, M. V., Black, C., Smith, B. H., Baras, A., Justice, A. E., Buring, J. E., Ridker, P. M., Chasman, D. I., Kooperberg, C., Tamiya, G., Yamamoto, M., van Heel, D. A., Trembath, R. C., Wei, W. Q., Jarvik, G. P., Namjou, B., Hayes, M. G., Ritchie, M. D., Jousilahti, P., Salomaa, V., Hveem, K., Åsvold, B. O., Kubo, M., Kamatani, Y., Okada, Y., Murakami, Y., Kim, B. J., Thorsteinsdottir, U., Stefansson, K., Zhang, J., Chen, Y., Ho, Y. L., Lynch, J. A., Rader, D. J., Tsao, P. S., Chang, K. M., Cho, K., O'Donnell, C. J., Gaziano, J. M., Wilson, P. W. F., Frayling, T. M., Hirschhorn, J. N., Kathiresan, S., Mohlke, K. L., Sun, Y. V., Morris, A. P., Boehnke, M., Brown, C. D., Natarajan, P., Deloukas, P., Willer, C. J., Assimes, T. L. & Peloso, G. M., 2022, In: Genome Biology. 23, 1, 42 p., 268.

Research output: Contribution to journal › Journal article › Research › peer-review

Multi-ancestry genetic study of type 2 diabetes highlights the power of diverse populations for discovery and translation

Mahajan, A., Spracklen, C. N., Zhang, W., Ng, M. C. Y., Petty, L. E., Kitajima, H., Yu, G. Z., Rüeger, S., Speidel, L., Kim, Y. J., Horikoshi, M., Mercader, J. M., Taliun, D., Moon, S., Kwak, S-H., Robertson, N. R., Rayner, N. W., Loh, M., Kim, B-J., Chiou, J. & 31 others, Miguel-Escalada, I., Della Briotta Parolo, P., Lin, K., Bragg, F., Preuss, M. H., Takeuchi, F., Nano, J., Guo, X., Lamri, A., Nakatochi, M., Scott, R. A., Lee, J., Huerta-Chagoya, A., Graff, M., Chai, J., Parra, E. J., Yao, J., Bielak, L. F., Grarup, Niels, Chen, W., Bork-Jensen, J., Islam, M. T., Jørgensen, M. E., Jørgensen, T., Linneberg, Allan René, Witte, D. R., Lind, L., Loos, Ruth, Hansen, Torben, Pedersen, Oluf Borbye & FinnGen, F., 2022, In: Nature Genetics. 54, 5, p. 560-572 13 p.

Research output: Contribution to journal › Journal article › Research › peer-review

Mendelian randomization supports bidirectional causality between telomere length and clonal hematopoiesis of indeterminate potential

Nakao, T., Bick, A. G., Taub, M. A., Zekavat, S. M., Uddin, M. M., Niroula, A., Carty, C. L., Lane, J., Honigberg, M. C., Weinstock, J. S., Pampana, A., Gibson, C. J., Griffin, G. K., Clarke, S. L., Bhattacharya, R., Assimes, T. L., Emery, L. S., Stilp, A. M., Wong, Q., Broome, J. & 32 others, Laurie, C. A., Khan, A. T., Smith, A. V., Blackwell, T. W., Codd, V., Nelson, C. P., Yoneda, Z. T., Peralta, J. M., Bowden, D. W., Irvin, M. R., Boorgula, M., Zhao, W., Yanek, L. R., Wiggins, K. L., Hixson, J. E., Charles Gu, C., Peloso, G. M., Roden, D. M., Reupena, M. S., Hwu, C. M., DeMeo, D. L., North, K. E., Kelly, S., Musani, S. K., Bis, J. C., Lloyd-Jones, D. M., Johnsen, J. M., Preuss, M., Tracy, R. P., Loos, Ruth, The Samoan Obesity, Lifestyle and Genetic Adaptations Study (OLaGA) Group, T. S. O. L. A. G. A. S. (. G. & NHLBI Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed) Consortium, N. T. F. P. M. (. C., 2022, In: Science Advances. 8, 14, eabl6579.

Research output: Contribution to journal › Journal article › Research › peer-review

Dysregulation of macrophage PEPD in obesity determines adipose tissue fibro-inflammation and insulin resistance

Pellegrinelli, V., Rodriguez-Cuenca, S., Rouault, C., Figueroa-Juarez, E., Schilbert, H., Virtue, S., Moreno-Navarrete, J. M., Bidault, G., Vázquez-Borrego, M. C., Dias, A. R., Pucker, B., Dale, M., Campbell, M., Carobbio, S., Lin, Y. H., Vacca, M., Aron-Wisnewsky, J., Mora, S., Masiero, M. M., Emmanouilidou, A. & 8 others, Mukhopadhyay, S., Dougan, G., den Hoed, M., Loos, Ruth, Fernández-Real, J. M., Chiarugi, D., Clément, K. & Vidal-Puig, A., 2022, In: Nature Metabolism. 4, 4, p. 476-494 19 p.

Research output: Contribution to journal › Journal article › Research › peer-review

A multi-layer functional genomic analysis to understand noncoding genetic variation in lipids

Ramdas, S., Judd, J., Graham, S. E., Kanoni, S., Wang, Y., Surakka, I., Wenz, B., Clarke, S. L., Chesi, A., Wells, A., Bhatti, K. F., Vedantam, S., Winkler, T. W., Locke, A. E., Marouli, E., Zajac, G. J. M., Wu, K. H. H., Ntalla, I., Hui, Q., Klarin, D. & 32 others, Hilliard, A. T., Wang, Z., Xue, C., Thorleifsson, G., Helgadottir, A., Gudbjartsson, D. F., Holm, H., Olafsson, I., Hwang, M. Y., Han, S., Zhao, J. H., Aadahl, Mette, Bork-Jensen, J., Møllehave, L. T., Liu, J., Wang, J., drb459, drb459, Jackson, R. D., Kovacs, P., Pedersen, Oluf Borbye, Hansen, Torben, Lind, L., Loos, Ruth, Christensen, K., Linneberg, Allan René, Grarup, Niels, Dantoft, T. M., Karpe, F., Wei, W. Q., Sun, Y. V., Million Veterans Program, M. V. P. & Global Lipids Genetics Consortium, G. L. G. C., 2022, In: American Journal of Human Genetics. 109, 8, p. 1366-1387 22 p.

Research output: Contribution to journal › Journal article › Research › peer-review

Whole genome sequence analysis of blood lipid levels in >66,000 individuals

Selvaraj, M. S., Li, X., Li, Z., Pampana, A., Zhang, D. Y., Park, J., Aslibekyan, S., Bis, J. C., Brody, J. A., Cade, B. E., Chuang, L. M., Chung, R. H., Curran, J. E., de las Fuentes, L., de Vries, P. S., Duggirala, R., Freedman, B. I., Graff, M., Guo, X., Heard-Costa, N. & 27 others, Hidalgo, B., Hwu, C. M., Irvin, M. R., Kelly, T. N., Kral, B. G., Lange, L., Li, X., Lisa, M., Lubitz, S. A., Manichaikul, A. W., Michael, P., Montasser, M. E., Morrison, A. C., Naseri, T., O’Connell, J. R., Palmer, N. D., Peyser, P. A., Reupena, M. S., Smith, J. A., Sun, X., Taylor, K. D., Tracy, R. P., Tsai, M. Y., Wang, Z., Wang, Y., Loos, Ruth & NHLBI Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed) Consortium, N. T. F. P. M. (. C., 2022, In: Nature Communications. 13, 18 p., 5995.

Research output: Contribution to journal › Journal article › Research › peer-review

Genome-wide association analyses of physical activity and sedentary behavior provide insights into underlying mechanisms and roles in disease prevention

Wang, Z., Emmerich, A., Pillon, N. J., Moore, T., Hemerich, D., Cornelis, M. C., Mazzaferro, E., Broos, S., Ahluwalia, T. S., Bartz, T. M., Bentley, A. R., Bielak, L. F., Chong, M., Chu, A. Y., Berry, D., Dorajoo, R., Dueker, N. D., Kasbohm, E., Feenstra, B., Feitosa, M. F. & 32 others, Gieger, C., Graff, M., Hall, L. M., Haller, T., Hartwig, F. P., Hillis, D. A., Huikari, V., Heard-Costa, N., Holzapfel, C., Jackson, A. U., Johansson, A., Jorgensen, A. M., Kaakinen, M. A., Karlsson, R., Kerr, K. F., Kim, B., Koolhaas, C. M., Kutalik, Z., Pacolet, A., Zhao, J., Balslev-Harder, M. N., Grarup, Niels, Linneberg, Allan René, Hansen, Torben, Melbye, M., Pedersen, Oluf Borbye, Pers, Tune H, Sørensen, Thorkild I.A., Zierath, Juleen R, Kilpeläinen, Tuomas O., Loos, Ruth & LifeLines Cohort Study, L. C. S., 2022, In: Nature Genetics. 54, p. 1332–1344 25 p.

Research output: Contribution to journal › Journal article › Research › peer-review

The Value of Rare Genetic Variation in the Prediction of Common Obesity in European Ancestry Populations

Wang, Z., Choi, S. W., Chami, N., Boerwinkle, E., Fornage, M., Redline, S., Bis, J. C., Brody, J. A., Psaty, B. M., Kim, W., McDonald, M. L. N., Regan, E. A., Silverman, E. K., Liu, C. T., Vasan, R. S., Kalyani, R. R., Mathias, R. A., Yanek, L. R., Arnett, D. K., Justice, A. E. & 21 others, North, K. E., Kaplan, R., Heckbert, S., de Andrade, M., Guo, X., Lange, L. A., Rich, S., Rotter, J. I., Ellinor, P. T., Lubitz, S. A., Blangero, J., Shoemaker, M. B., Darbar, D., Gladwin, M. T., Albert, C. M., Chasman, D. I., Jackson, R. D., Kooperberg, C., Reiner, A. P., O’Reilly, P. F. & Loos, Ruth, 2022, In: Frontiers in Endocrinology. 13, 12 p., 863893.

Research output: Contribution to journal › Journal article › Research › peer-review

Whole genome sequencing identifies structural variants contributing to hematologic traits in the NHLBI TOPMed program

Wheeler, M. M., Stilp, A. M., Rao, S., Halldórsson, B. V., Beyter, D., Wen, J., Mihkaylova, A. V., McHugh, C. P., Lane, J., Jiang, M. Z., Raffield, L. M., Jun, G., Sedlazeck, F. J., Metcalf, G., Yao, Y., Bis, J. B., Chami, N., de Vries, P. S., Desai, P., Floyd, J. S. & 39 others, Gao, Y., Kammers, K., Kim, W., Moon, J. Y., Ratan, A., Yanek, L. R., Almasy, L., Becker, L. C., Blangero, J., Cho, M. H., Curran, J. E., Fornage, M., Kaplan, R. C., Lewis, J. P., Loos, Ruth, Mitchell, B. D., Morrison, A. C., Preuss, M., Psaty, B. M., Rich, S. S., Rotter, J. I., Tang, H., Tracy, R. P., Boerwinkle, E., Abecasis, G. R., Blackwell, T. W., Smith, A. V., Johnson, A. D., Mathias, R. A., Nickerson, D. A., Conomos, M. P., Li, Y., Þorsteinsdóttir, U., Magnússon, M. K., Stefansson, K., Pankratz, N. D., Bauer, D. E., Auer, P. L. & Reiner, A. P., 2022, In: Nature Communications. 13, 18 p., 7592.

Research output: Contribution to journal › Journal article › Research › peer-review